Susunan organisasi UPTD PPA Provinsi Kalimantan Utara masuk dalam klasifikasi  Kelas A , terdiri atas:
1. Kepala UPTD PPA;
2. Subbagian Tata Usaha;
3. Seksi Pengaduan;
4. Seksi Tindak Lanjut Kasus; dan
5. Kelompok Jabatan Fungsional